CodeGenerator.java L85 附近。
自定义配置的outputFile 里的路径写错了。会直接想到项目的目录里。而不是service-system里。

// 自定义输入文件名称
return projectPath + "/src/main/resources/mapper/" + pc.getModuleName() + "/" + tableInfo.getEntityName() + "Mapper" + StringPool.DOT_XML;

改为
// 自定义输入文件名称
return projectPath + "/service-system/src/main/resources/mapper/" + pc.getModuleName() + "/" + tableInfo.getEntityName() + "Mapper" + StringPool.DOT_XML;