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网络药理学(系统药理学)自动化

2021.09.24更新

特别说明

本文档Rmd是R Markdown文件,如果你还不会使用R Markdown,请你一定学习一下,因为这是个革命性的写作工具,我已经在医咖会出了新课 欢迎大家来学习

课程地址 R Markdown学术写作系列教程

课程源码 https://gitee.com/hao203/rmd_china

介绍

网络药理学(系统药理学)自动化 Network pharmacology / systems pharmacology auto-analysis

视频教程地址 https://www.bilibili.com/video/BV1mK4y1D7AZ

软件架构

分为两部分,一个是别人用python做的程序,可以直接用来进行tcmsp的爬取和Uniprot的ID转换,当然加Symbol也不在话下。 快速爬取TCMSP并进行uniprot的ID转换

另一个是我自己做的程序,主要是通过R语言的rvest包进行爬取,并进行自动化处理 适用于旧版TCMSP https://old.tcmsp-e.com/,文件名为tcmsp auto old.Rmd

另一个是新版TCMSP https://tcmsp-e.com/。由于新版需要登录验证,暂时无法实现自动爬取,需要手动复制一下,但也比一页一页手动要强太多。

安装教程

  1. python程序无需其他额外安装,git clone命令到本地,在文件夹运行即可
  2. R语言包为我自己用R markdown编写,需要安装R基础包和Rstudio
  3. R依赖的包- rvest|stringr|jsonlite|xlsx,使用前请安装

使用说明

  1. 首先安装Rstudio和R
  2. 接着安装必要的包 rvest|stringr|jsonlite|xlsx 。这里特别注意rvest不知是系统bug还是R包镜像更新不及时,如果直接通过Rstudio安装,运行会出现错误,因为官方该包的版本为0.99,而直接安装却是0.36。请运行remotes::install_github("tidyverse/rvest")安装。
  3. 运行R里面的代码即可。output.xlsx文件是输出结果,每做一个药,就要重新保存。

欢迎关注我

  • 公众号,小梁医生

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MIT License Copyright (c) 2021 googlable Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal in the Software without restriction, including without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to the following conditions: The above copyright notice and this permission notice shall be included in all copies or substantial portions of the Software. THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.

简介

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