sigminer: 癌症基因组突变模式分析工具箱

安装

从 CRAN 上安装稳定版本：

install.packages("sigminer")
# Or
BiocManager::install("sigminer")

从 Gitee 上安装开发版本：

remotes::install_git("https://gitee.com/ShixiangWang/sigminer")

使用文档

完整的文档请阅读 https://shixiangwang.gitee.io/sigminer-doc，整理好的开放的函数列表请阅读 https://shixiangwang.gitee.io/sigminer/reference/index.html。

引用

Copy number signature analyses in prostate cancer reveal distinct etiologies and clinical outcomes, under submission

Currently, sigminer has not been published. If you use sigminer in academic field, please cite our recent work:

Wang, Shixiang, et al. "The predictive power of tumor mutational burden 
    in lung cancer immunotherapy response is influenced by patients' sex."
    International journal of cancer (2019).

and the paper implementing NMF in R:

Gaujoux, Renaud, and Cathal Seoighe. "A Flexible R Package for 
    Nonnegative Matrix Factorization."" BMC Bioinformatics 11, no. 1 (December 2010).

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