\documentclass[letterpaper,12pt,leqno]{article}
\usepackage{paper,appendix}
\bibliographystyle{bibliography}
% Enter paper title:
\hypersetup{pdftitle={Paper Title: Online Appendices}}
% Enter journal of publication and permanent URL to paper
\available[Journal Name]{https://github.com/pmichaillat/latex-paper}
% Enter BibTeX file with references:
\newcommand{\bib}{bibliography.bib}
% Enter PDF file with figures here:
\newcommand{\pdf}{figures.pdf}
% Enter TeX file with the main text so references can be used in appendix:
\externaldocument{paper}

% Fill out content of online appendix:
\begin{document}
\title{Paper Title: Online Appendices}
\author{Author 1, Author 2}
\date{Month Year}
\begin{titlepage}
\maketitle
\tableofcontents
\end{titlepage}

\section{Appendix title}\label{a:appendix1}

This is a first appendix. Obcaecati cupiditate non provident, similique sunt in culpa, qui officia deserunt mollitia animi, id est laborum et dolorum fuga. 

\subsection{Subsection title} 

This is a subsection in the appendix. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum. 

\subsection{A subsection with references from the main text} 

The references from the main text (in the \texttt{paper.tex} file) are available in the online appendix as long as the appendix is compiled after the main text and intermediary LaTeX-related files (especially the \texttt{paper.aux} file) are not deleted. Here are some references to the main text:
\begin{itemize}    
    \item Equation \ref{e:type1} was very helpful.
    \item Figure \ref{f:graph1} provided a lot of information---especially the plot on figure \ref{f:panel2}. 
    \item Section \ref{s:graphs} presented new results, and so did section \ref{s:lists}.
    \item Table~\ref{t:table1} contained interesting information.
\end{itemize}  

\subsection{A subsection with results}

Here is a result in the appendix:

\begin{corollary} Similique sunt in culpa, qui officia deserunt mollitia animi, id est laborum et dolorum fuga:
\begin{equation*}
\mathbb{E}(\Omega) = \mathbb{P}(\omega\cdot \mu - \xi) - \sum_{i=0}^{m}\sum_{j=-\infty}^{n} \sigma(i,j) + 123^{56}.
\end{equation*}\end{corollary}

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod
tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam,
quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

\subsection{A subsection with math}

Here are math and an equation in the appendix---see equation \eqref{e:appendix1}. Temporibus autem quibusdam $\xi$ et aut officiis debitis aut rerum necessitatibus saepe eveniet ut et voluptates repudiandae sint et molestiae non recusandae $1-\gamma$. Itaque earum rerum hic $S(z^*)$ tenetur a sapiente delectus $\mathcal{B}^\theta$, ut aut reiciendis voluptatibus maiores alias consequatur aut perferendis doloribus asperiores repellat $\mathbb{V}^i$:
\begin{equation}
\mathbb{V}^r = (1-\gamma) \times 0 +\gamma S(z^*) v^s+\gamma [1-S(z^*)] \mathcal{V}^i-c.
\label{e:appendix1}\end{equation}

Ut enim ad minima veniam, quis nostrum exercitationem ullam corporis suscipit laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur? Quis autem vel eum iure reprehenderit qui in ea voluptate velit esse quam nihil molestiae consequatur, vel illum qui dolorem eum fugiat quo voluptas nulla pariatur? Autem vel eum iure reprehenderit qui in ea voluptate velit esse quam nihil molestiae consequatur.

\subsection{Subsection with a foonote}

Here is a sentence with a footnote.\footnote{Nemo enim ipsam voluptatem quia voluptas sit aspernatur aut odit aut fugit, sed quia consequuntur magni dolores eos qui ratione voluptatem sequi nesciunt.} 

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam,
quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.


\section{Another appendix}\label{a:appendix2}

Here is a second appendix. At vero eos et accusamus et iusto odio dignissimos ducimus, qui blanditiis praesentium voluptatum deleniti atque corrupti. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

\subsection{Subsection with references}\label{a:subappendix}

Here is a sentence with some citations: \citet{MS19,MS21b} found something but that is an uncommon result \citep{M12,M14}. The references go to their own reference list at the end of the appendix. By contrast, when the appendix is at the end of the main text, the appendix shares the list of references with the main text. 

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod
tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam,
quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

\subsection{Subsection with a URL}

Here is a URL: \url{https://github.com/pmichaillat/latex-paper}. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod
tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam,
quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

\subsection{Larger figure, without panel, in the appendix} 

Here is a large, simple figure in the appendix (see figure \ref{f:appendix1}). At vero eos et accusamus et iusto odio dignissimos ducimus, qui blanditiis praesentium voluptatum deleniti atque corrupti, quos dolores et quas molestias excepturi sint, obcaecati cupiditate non provident, similique sunt in culpa, qui officia deserunt mollitia animi, id est laborum et dolorum fuga.

\begin{figure}[t]
\includegraphics[scale=0.3,page=1]{\pdf}
\caption{Caption for the larger graph}
\note{Note for the larger graph. Nam libero tempore, cum soluta nobis est eligendi optio, cumque nihil impedit, quo minus id, quod maxime placeat, facere possimus.}
\label{f:appendix1}\end{figure}

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod
tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam,
quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

\subsection{Even larger figure, without panel, in the appendix} 

\begin{figure}[p]
\includegraphics[scale=0.4,page=3]{\pdf}
\caption{Caption for the even larger graph}
\note{Note for the larger graph. Nam libero tempore, cum soluta nobis est eligendi optio, cumque nihil impedit, quo minus id, quod maxime placeat, facere possimus.}
\label{f:appendix2}\end{figure}

Figure \ref{f:appendix2} shows an even larger figure in the appendix. At vero eos et accusamus et iusto odio dignissimos ducimus, qui blanditiis praesentium voluptatum deleniti atque corrupti, quos dolores et quas molestias excepturi sint, obcaecati cupiditate non provident, similique sunt in culpa, qui officia deserunt mollitia animi, id est laborum et dolorum fuga. Nam libero tempore, cum soluta nobis est eligendi optio, cumque nihil impedit, quo minus id, quod maxime placeat, facere possimus.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod
tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam,
quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo
consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse
cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non
proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.


\bibliography{\bib}
\end{document}